Omicron: l’intrigante origine du variant

Article publié sur science-et-vie.com

Le variant Omicron, étonnement très éloigné de la souche originelle, pourrait provenir d’une souris, selon une nouvelle étude.

Omicron possède 45 nouvelles mutations. C’est inédit, en comparaison aux autres variants du SARS-CoV-2. Si observe son placement sur un arbre phylogénétique, il semble anormalement peu commun.

Jusqu’ici, la théorie selon laquelle le variant aurait émergé lors d’une infection prolongée chez un patient gravement immunodéprimé était dominante. Mais récemment, une équipe de chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin apporte une nouvelle hypothèse: Omicron pourrait avoir une origine murine.

Une souris infectée par le virus humain

Selon ces chercheurs, le virus aurait été transmis à une souris par un humain. Ce virus est ce que l’on appelle une zoonose, une infection transmissible entre l’homme et l’animal. Lors de ce transfert zoonotique vers une souris, le virus aurait acquis une partie ou la totalité de ses 45 mutations, avant d’être retransmis à l’Homme. Mais un problème subsiste à cette théorie.

Un problème de compatibilité chez la souris

Le virus utilise la protéine de pointe pour pénétrer les cellules humaines. Ces dernières possèdent un récepteur ACE2 qui sont compatibles avec la protéine du virus. Ce qui explique pourquoi le SARS-CoV-2 peut pénétrer aussi facilement nos cellules.

À droite, le schéma montre comment les protéines de pointe du virus, appelées Spike et représentées en vert clair, pénètrent dans les cellules humaines grâce au récepteur ACE2, représenté en orange. À l’inverse, à gauche, la protéine de pointe ne peut plus «s’accrocher» aux récepteurs car les anticorps représentés en violent l’en empêchent. Crédit: shutterstock.

Or, l’équivalent de ce récepteur chez la souris possède très peu d’affinité avec la protéine de pointe du coronavirus. A tel point que pour étudier le virus chez cet animal, les scientifiques sont obligés d’introduire artificiellement la séquence humaine du récepteur ACE2 dans le génome de la souris. Une épineuse question s’est alors posée: comment une souris a-t-elle pu être infectée naturellement par le SARS-CoV-2?

Les mutations d’Omicron portent la «signature moléculaire» de la souris

Une explication potentielle se trouverait dans la façon d’infecter l’organisme. Contrairement aux autres variants, Omicron ne dépendrait pas du récepteur ACE2, mais d’une absorption directe dans la cellule à travers les endomoses, des compartiments membranaires situés à l’intérieur des cellules eucaryotes.

Pour démontrer l’origine murine d’Omicron, les chercheurs se sont penchés sur le «spectre moléculaire» des mutations présentes chez ce variant. Ces derniers ont constaté que le spectre des mutations d’Omicron présentait des similitudes aux spectres de l’évolution des virus dans les cellules de la souris. Ainsi, les mutations d’Omicron portent la «signature moléculaire» de l’espèce murine.

L’hypothèse murine avancée par les chercheurs pourrait ainsi expliquer pourquoi les mutations présentes sur Omicron sont si éloignées de celles caractéristiques des autres variants ayant évolué chez l’humain.

Source: Journal of Genetics and Genomics, décembre 2021.

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