E484K, E484Q, L452R… ces trois mutations du coronavirus à traquer cet été

Article publié sur capital.fr

Santé publique France arrête la surveillance des variants du Sars-CoV-2 pour traquer les mutations E484K, E484Q et L452R, communes à différentes souches du coronavirus. Explications.

lpha, Beta, Gamma ou encore Delta. Les nouveaux noms attribués par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) aux variants britannique, sud-africain, brésilien et indien du coronavirus n’auront pas fait long feu. Si la démarche avait pour but de s’affranchir des noms scientifiques compliqués à retenir et de ne plus stigmatiser les pays où ces souches ont été identifiées, ces noms ne devraient plus apparaître dans les prochains bilans épidémiologiques de Santé publique France. L’agence nationale de santé publique a en effet annoncé jeudi 10 juin l’arrêt de la surveillance de la circulation des variants en France pour se concentrer uniquement sur trois mutations, baptisées dans le jargon scientifique E484K, E484Q et L452R.

Et il ne s’agit pas seulement d’un effet de langage. Variant et mutation sont deux choses qu’il convient de différencier. “Les variants sont des souches virales sur lesquelles il y a plusieurs mutations”, avait expliqué, en janvier, à Capital, le docteur Jean-Daniel Lelièvre, infectiologue à l’Hôpital Henri-Mondor de Créteil. Comme le virus du Sars-CoV-2 mute en permanence, une souche peut alors porter une quinzaine de mutations. Ainsi, parler de double mutant comme on a pu le lire ou l’entendre au sujet du variant Delta qui a émergé en Inde n’a pas de sens pour l’infectiologue qui avait estimé dans une interview à Capital en avril que l’expression “double mutant” est “une invention des journalistes”.

Des mutations communes à une diversité de variants

Mais pourquoi abandonner la traque des variants alors que la souche indienne est devenue majoritaire outre-Manche ? Et que les épidémiologistes de Santé publique France ont estimé qu’il est probable que le même scénario se reproduise en France avec quelques semaines ou mois de décalage ? Peut-être parce que jusqu’ici, les tests de criblage réalisés en France ne peuvent pas détecter le variant Delta.

Pour rappel, le criblage est une technique qui permet, à partir d’un test PCR, de suspecter une infection par une souche du Sars-CoV-2. S’il y a suspicion, alors le test sera séquencé pour confirmer ou non l’infection par un des variants dits “d’intérêt”. Jusqu’ici, les laboratoires n’étaient équipés que pour traquer d’une part Alpha (variant britannique) et d’autre part Beta (sud-africain) et Gamma (brésilien). Les résultats étaient ensuite cartographiés par Santé publique France de la façon suivante : une carte de France régionale et/ou départementale, dédiée à la circulation de la souche britannique uniquement et une autre carte de l’Hexagone qui illustre les proportions beaucoup plus faibles des variants sud-africain et brésilien. Sauf qu’on en a terminé avec ces données ! Elles ne sont plus mises à jour depuis le 10 juin. Si Santé publique France abandonne la traque des variants pour ne se concentrer que sur trois mutations, c’est surtout parce que les épidémiologistes se sont aperçus que celles-ci sont communes à une “grande diversité de variants” :

  • La mutation E484 K est par exemple identifiée dans les variants Beta et Gamma. Mais aussi chez d’autres souches que l’OMS suggère de suivre même si elles sont moins préoccupantes : comme le variant Iota, identifié aux États-Unis, Zeta, repéré au Brésil, Kappa, apparu en Inde, et Eta, qui a émergé dans différents pays. En France, la mutation E484K a été détectée pour la première fois le 12 novembre 2020.
  • La mutation E484Q est présente dans Kappa, un autre variant identifié en Inde. En France, cette mutation a été séquencée pour la première fois le 21 février dernier.
  • La mutation L452R est quant-à-elle détectée dans Delta, la souche indienne devenue majoritaire au Royaume-Uni. Mais aussi dans l’autre variant indien Kappa. En France, cette mutation a été repérée pour la première fois le 15 octobre 2020.

Chacune de ces trois mutations sont aussi présentes dans des souches classées par l’OMS parmi les variants en cours d’évaluation. Il s’agit souvent de souches virales à l’origine de “cas sporadiques” selon Santé publique France, c’est-à-dire dont on a identifié des cas positifs de manière isolée et irrégulière. Ainsi, la mutation E484K est déjà repérée dans dix variants du Sars-CoV-2, L452R est identifiée dans cinq souches et E484Q est détectée dans deux variants.

Risques de hausse de la contagiosité et d’échappement immunitaire

Si Santé publique France révise radicalement ses indicateurs épidémiologiques, c’est surtout parce que ces trois mutations peuvent être associées, selon les souches virales qui les portent, à une hausse de la transmissibilité du virus ou à un échappement immunitaire. L’efficacité des défenses immunitaires peut notamment être diminuée si on est infecté par un variant porteur des mutations L452R et E484K. Et ce, que l’organisme ait déjà fabriqué des anticorps après une première infection par le Sars-CoV-2, qu’on soit vacciné ou que l’on suive un traitement d’anticorps monoclonaux.

Ces deux mutations sont aussi liées à une hausse de la contagiosité. Santé publique France indique d’une part que le nombre de variants porteurs de ces mutations est en augmentation, et d’autre part, que la détection de ces mutations à l’échelle internationale est aussi croissante. La troisième mutation E484Q est aussi concernée par la nouvelle stratégie de surveillance adoptée par Santé publique France mais les données sont pour le moment insuffisantes pour constater un risque accru de transmissibilité ou d’échappement immunitaire.

Pour autant, les experts de Santé publique France ont tenté de rassurer, en soulignant que ces mutations, seules, ne peuvent avoir tous ces effets. Tout dépend en fait dans quels variants – et donc avec quelles autres mutations – elles seront présentes. Des données préliminaires issues des criblages qui détectent les mutations E484K, E484Q et L452R seront communiquées dès le prochain pointage épidémiologique hebdomadaire que l’agence nationale de santé publique diffusera jeudi 17 juin. Il faudra cependant patienter jusqu’à la fin du mois de juin pour consulter des données plus détaillées et cartographiées par région et département sur la plateforme Géodes.

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